Упомянутый шумен Кириак вскоре умер. Архиепископ Евстафий и краль Милутин, заботясь об избрании достойного преемника, для совета созвали духовный собор, который единодушно остановился на иеромонахе Данииле. И вот давно жаждавший видеть святую Афонскую гору, Даниил назначается прямо игуменом знаменитого уже и тогда и особенно важного для сербов Хиландарского монастыря.
Время, в которое угодно было Богу возвести Даниила на игуменство в Хиландаре, было трудное и тяжелое не только для святой горы Афонской, но и для всего царства Греческого. В то время двигались уже турки-османы на Царьград; не только теснили в Азии, но пытались проникнуть через море и в Европу. Цари греческие употребляли все меры для защиты христиан от неверных. Кроме своих сил, они всячески старались отыскать и постороннюю помощь. Так и сербский краль Милутин помогал царю греческому Андронику Старшему против турок в Азии. Потом царь греческий вынужден был прибегнуть к наемным войскам, к испанским каталонцам. Эти сборные из разных народностей наемные войска не сдержали договора, скоро вошли в связь с турками, и из помощников и защитников скоро обратились в лютых врагов православного христианского царства. Они грабили, разоряли и жгли жилища по всему Балканскому полуострову. По берегам греческих морей свирепствовали морские разбойники, особенно венецианские. Как сухопутные враги - каталонцы, так и морские - преимущественно венецианцы, не оставили в покое и святую гору Афон. Преувеличенные слухи о богатствах Афонских монастырей привлекали хищников, которые, не давая никакой пощады населению, не разбирая ни звания, ни возраста, пленяли, убивали и грабили.
От этих разбойников, хотя и христиан, но латинян, не избавилась и сербская Афонская Хиландарская лавра.
В такое-то тяжелое время святой Даниил был назначен на игуменство в Хиландаре.
Краль Милутин и архиепископ Евстафий отпустили Даниила с богатыми дарами для святой Хиландарской лавры. Давно жаждавший подвизаться на Афоне святой Даниил с радостью стал осуществлять свои давние надежды. Он всею душою предался иноческим подвигам, твердо поборая все искушения, которые многоразлично метал на пути его спасения враг диавол. Пример игумена и его красноречивые наставления и поучение поддерживали и распространяли в монастыре благочестие, единомыслие, порядок и взаимную любовь.
Но сверх духовных подвигов, игумену Даниилу пришлось совершать и подвиги внешней борьбы, защиты обители от упомянутых разбойников, которые опустошили и разорили всю святую гору. В крепкий и благоустроенный Хиландарский монастырь сбежались многие монахи и простые окрестные жители, женщины и дети, ища здесь крова и пропитания.
Все монастырские запасы отданы были на пропитание бедствовавшего населения, но и они истощились. Всюду кругом распространялся голод. Люди и даже скот в опустошенной стране гибли от голода. Ввиду невыносимого бедствия сами монахи Хиландарского монастыря стали разбегаться, ища спасения, но и они попадали в рабство к врагам или умирали голодною смертью. Только непоколебимый в твердости игумен Даниил не падал духом. Три с половиной года он отсиживался в укрепленной обители. Не раз враги подступали к воротам монастыря, ломились в него, но без успеха удалялись, обещая снова возвратиться. Даниил неутомимо защищался с бывшими в монастыре людьми и с постоянною молитвою к Господу Богу.