Подражая Небесному Пастырю Христу, он всегда заботился о заблуждавшихся овцах своего стада и вводил их в ограду покаяния.

Святитель Киприан не раз вызывал святого Арсения в Москву для соборных совещаний.

Блаженная кончина святителя Арсения последовала великим постом 1409 года. К сборному воскресенью духовенство Тверской епархии съехалось в Тверь на обычный, ежегодный собор ⁷ . В воскресенье оно приветствовало своего владыку; во вторник святой Арсений произносил поучение к пастырям, наставлял их в делах пастырского служения и решал дела; в тот же день он благословил собравшихся пастырей, простился с ними и распустил собор. В четверг второй седмицы святитель тяжко заболел и лишился языка. Утром в пяток (1 марта) пришел к нему великий князь Иоанн Михайлович ⁸ с братиею и боярами; он созвал архимандритов, игуменов и священников, чтобы совершить елеосвящение над заболевшим святителем. У одра больного сидели десять чернецов, которые желали услышать от своего епископа прощальное слово. Но он был безмолвен. Следующею ночью святой Арсений скончался. 19 лет и 7 месяцев с великой ревностью он пас врученное ему Богом словесное стадо. Услышав о кончине праведного святителя, князь Иоанн Михайлович со множеством народа пришел к его мощам. Все скорбели и плакали: "померкло солнце наше, лишились мы доброго пастыря и отца".

На другой день мощи святого Арсения были вынесены из архиерейского дома в соборную церковь, где граждане тверские прощались со своим пастырем, и погребены в Желтиковом монастыре, в притворе правого придела Успенской церкви (во имя Нерукотворенного образа), в той самой каменной гробнице, которую святитель изготовил своими руками.

При погребении его было много недужных. Они просили святого об исцелении и получали облегчение от своих недугов. Таково было житие святого Арсения, такова была его блаженная кончина; ныне же он предстоит пред престолом Господним вместе с ангелами, славя Пресвятую Троицу: Отца, Сына и Святого Духа.

По смерти святого Арсения, граждане не переставали чтить его память. Видя чудеса, проистекавшие от его гроба, благочестивые жители Твери призывали в молитвах святителя Арсения и получали помощь и заступление в бедах. По истечении 74 лет после его преставления (в 1483 году) епископ Тверской Вассиан ⁹ , по повелению царя Иоанна Васильевича, восхотел открыть его мощи. Собрав собор со множеством народа, он направился к Желтикову монастырю. Гроб, в котором почивали мощи угодника Божьего, был вынут из земли и внесен в соборный храм. Когда открыли крышку, вся церковь наполнилась благоуханием. Тление не коснулось мощей святого Арсения, даже самые ризы оставались совершенно целыми. Тогда епископ повелел снова покрыть гроб крышкой, приказал написать образ святого (он цел и доныне) и поставил его у Гроба на поклонение приходящим. На гроб был возложен покров с изображением чудотворца. По благословению епископа Вассиана составлена была и служба святому Арсению. Тогда было установлено местное празднование ему в Желтиковом монастыре. С того времени еще более чудес стало совершаться при его гробе. Местное празднование святителя Арсения в Твери установлено Московским собором 1547 года.

Наиболее замечательное и разительное из чудес святого Арсения произошло в 1566 году. В то время в Твери проживал один рыболов, по имени Терентий. Сначала он имел великую веру ко святому Арсению, а потом впал в неверие и подвергся исступлению ума. Родители привезли его в Желтикову обитель, надеясь, что сын их здесь получит исцеление. Но он умер. Спустя два дня внесли его тело в храм Пречистой Богородицы, где почивали святые мощи. Родители сильно скорбили, даже роптали на святителя:

- Мы надеялись получить от тебя милость, а сын наш умер. Погасает у нас усердие к тебе, и вера наша оскудевает.