Так святой Иона ясно предвидел будущее падение Новгорода. Зная сие, он испросил у Василия и его сына Иоанна право суда для любимой Отней обители. Князья охотно исполнили просьбу святителя. Они дали ему грамоту с великокняжеской своей печатью.

Великий князь так твердо верил словам Новгородского владыки, что тогда же написал духовную. Назначив в ней уделы своим сыновьям и супруге, великий князь определил в ней собирать дань для татар только до тех пор, пока они еще имеют власть над Русской землёй. "Но наступит время, - говорил здесь Василий, - когда власть их рухнет, и Господь избавит Русских князей от их ига - тогда князья уже не должны более вносить великому князю дани для уплаты Ордынскому хану".

После сего святитель Новгородский отправился к своей пастве. Князь и бояре с честью провожали уважаемого архипастыря. С не меньшей любовью встретили граждане Новгородские своего владыку, который так горячо ходатайствовал за них перед великим князем. Прибыв в свою епархию, святитель немедленно исполнил данное им обещание - построил первый в Новгороде храм в честь преподобного отца нашего Сергия Радонежского. Он со всяким благолепием украсил новой храм, снабдил его богослужебными книгами и иконами и часто посещал его. Святой Иона много заботился о духовном просвещении своей паствы; сам отличаясь большой начитанностью и глубоким знанием Божественного Писания, он желал, чтобы и духовные его чада могли поучаться и иметь для назидательного чтения описание знаменитых подвижников Новгородской области. Для сего, по согласию с митрополитом всероссийским святым Ионою, Новгородский архипастырь поручил прибывшему со Святой горы ученому иноку Пахомию Логофету пересмотреть и написать некоторые жития святых. Кроме того до нас дошло несколько богослужебных книг, писанных по благословению архиепископа Ионы.

Вскоре после возвращение из Москвы, митрополит всероссийский Иона прислал послание блаженному святителю Новгородскому. Чувствуя приближение своей кончины, митрополит Иона еще раз желал увидаться с Новгородским владыкой и насладиться его духовной беседой. Вместе с тем митрополит просил святого Иону, чтобы он принял лично участие в избрании достойного ему преемника и предал его самого погребению. Прочитав сие послание, святой Иона прослезился и воскликнул:

- Великой благодати лишается ныне Москва, а вместе с нею и вся Русская земля.

Однако, удрученный годами и болезнью ног, сам святой Иона не мог отправиться в Москву. Он послал святителю Московскому грамоту, в коей, утешая его, писал:

- Не скорби, что нам нельзя повидаться теперь, ибо мы свидимся уже в той жизни, по отшествии из бренного тела. Радостно будет тогда наше свидание, ибо мы восприимем тогда мзду от Самого Начальника пастырей.

Избрание преемника святой Иона предоставлял Господу и освященному собору:

- Кого Дух Святой изберёт и благословит, того и я буду готовь принять!

Святой митрополит Московский Иона преставился 31 марта 1461 года. Зная святость его жизни, святитель Новгородский поручил вышеназванному Пахомию Логофету составить канон. Вскоре после сего святитель Московский был причислен к лику святых.

В 1462 году, по смерти Василия, на престол великокняжеский вступил сын его Иоанн III. Святой Иона отправился по делам в Москву к новому князю. Он напомнил ему о том, что предрёк еще его отцу, прибавив:

- Не презрит Господь молитвы стольких угнетенных, он рассеет орду, но пусть государь пребывает в благочестии и твёрдо хранить заповеди Божии.