В то же время святитель просил великого князя подтвердить прежнюю грамоту для Отней пустыни, чтобы сия обитель имела право суда. Иоанн, глубоко уважавший святителя, охотно исполнил его просьбу. Он подтвердил грамоту, данную его отцом и приложил к ней печать с своим собственным изображением.

В то время произошло печальное разделение Русской церкви. Григорий, посвященный в епископы в Риме, объявил себя митрополитом Русским и, принятый благосклонно королём Польским, стал управлять церковными делами в юго-западной России, подвластной тогда Польскому королю. О сем деле многие православные и сам великий князь писали святителю, прося его содействия и поддержки. Святой Иона, сам твердый в православии, всячески противодействовал такому разделению и много поучал свою паству, убеждая ее не оставлять старой веры православной и оставаться верной престолу Московского митрополита; как истинный пастырь, он смело и безбоязненно разрушал все происки врагов православия и охранял свое словесное стадо.

Не мало трудов понёс святой Иона. Своим мудрым словом, своей любовью, он не раз погашал раздор между Новгородцами и Псковичами. Жители Пскова, тяготясь зависимостью от Новгородского владыки, стали просить, чтобы великий князь назначил им в Псков особого епископа. Они даже захватили часть земель и угодий, которые принадлежали архиепископу Новгородскому. Но великий князь не исполнил их просьбы, повелев им во всём повиноваться блаженному святителю Новгородскому и возвратить несправедливо ими захваченное. Псковичи так и сделали. Много содействовал сему своим примером и сам святой Иона. Он даже не потребовал от Псковичей никакого вознаграждения за убытки, причинённые ими архиерейской кафедре. Видя его любовь и бескорыстие, большая часть Псковичей стала еще больше уважать его и оказывать ему должную честь.

Святой Иона много заботился о построении и украшении храмов Божиих. Кроме построения храма в честь преподобного Сергия Радонежского, святитель заботился о своей любимой Отней обители, где начались его иноческие труды и подвиги. Он построил здесь каменный храм во имя Трех Святителей и великолепно его украсил. Для сего он вызвал самых лучших иконописцев и щедро расточал свое имение, чтобы обильно снабдить новой храм священными предметами и книгами. К сей церкви он пристроил еще другую в честь Крестителя Господня Иоанна Предтечи, имя которого он носил еще в миру. В сем храме он собственными руками ископал себе гроб и завещал предать здесь погребению свое тело. В Отней обители святой архипастырь построил еще храм во имя святителя Николая. В самом Новгороде он возобновил и украсил Дмитриевскую церковь на Торговой стороне, по преданию, первоначально построенную в память победы Димитрия Донского над Мамаем.

За благочестивую жизнь мудрого святителя уважали не только великие князья Московские, но даже Тверские, Смоленские, Полоцкие и Литовские. Новгородская область, управляемая святым Ионою, пользовалась во все время святительства сего блаженного миром и особым покровительством свыше. Граждане, внимая его поучениям, имели любовь друг к другу; даже самая земля отличалась тогда особенным плодородием. Все сие было по молитвам святого. Только однажды Новгородская и Псковская земля подверглась страшному бедствию. С конца 1466 года открылось моровое поветрие, которое известно под именем Симоновского мора. У больных опухали железа и на третий или четвертый день они умирали. В следующем 1467 г. болезнь вспыхнула с новой силой. Во всей Новгородской земле умерло 220652 человека. Великая скорбь и смятение