С наступлением дня, Иоанн упрашивал воинов пробыть в Команах у церкви святого Василиска до пятого часа; но они не послушались его и стали продолжать путь, стараясь ехать как можно скорее. Они держали путь по воде и плыли очень скоро, на подобие пернатой птицы. Так в течение нескольких часов отплыли от города тридцать стадий.

Однако, по Божественному промышлению, они снова пристали к берегу около церкви святого Василиска, чему весьма удивились. Иоанн опять стал умолять их, чтобы они немного обождали на том месте, пока он помолится в церкви. Признавая действие силы Божией в том, что они против желания пристали к тому месту, откуда отплыли, воины решились исполнить желание Иоанна. Тогда святой вошел в церковь, спросил светлые церковные ризы и переодел на себе всю свою одежду, начиная с обуви; затем свои одежды он роздал находившимся с ним на корабле, а в церковных одеждах совершил литургию и причастился Пречистых и Животворящих Таин Тела и Крови Христовой; потом, благословив всех присутствовавших и отдав им последнее целование, возлег со словами:

- Слава Богу за все.

И вслед за тем предал дух свой в руки Божии. Это было в самый день Воздвижения Честного Креста Господня. Таким образом, святой угодник Божий в течение всей своей жизни несший крест свой, распинаясь для мира и сораспинаясь Христу, скончался в день, посвященный памяти Честного Креста ⁶⁶ . Он был положен в той же церкви, где и умер, неподалеку от гроба святого мученика Василиска. Так сбылось предсказание святого Епифания Кипрского, который говорил святому Иоанну:

- И ты не дойдешь до того места, на которое тебя изгонять" .

Действительно, святой Иоанн был веден в Пифиунт, а преставился в Команах, не дойдя до Пифиунта. Так-то угас церковный светильник, так умолкли златые уста, так совершил подвиг и скончал течение добрый подвижник и страдалец, проживший шесть лет на патриаршем престоле и проведший три года в изгнании, переводимый с места на место ⁶⁷ .

Когда умер св. Иоанн, следовавшие за ним до самой его смерти два пресвитера и диакон, оплакав смерть отца своего, отправились в Рим к папе Иннокентию и подробно сообщили ему обо всем, что претерпел святой Иоанн по злобе врагов его. Они рассказали и о кончине его, и о том, как раньше его преставления к нему приходили святые Апостолы Петр и Иоанн Богослов, что они говорили ему и как явился ему святой мученик Василиск. Выслушавши все, Иннокентий весьма удивился и сталь скорбеть о великом угоднике, пострадавшем за правду. Об обстоятельствах изгнания и смерти святого Златоуста папа сообщил западному императору Гонорию ⁶⁸ , брату Аркадия, и они оба горько сожалели о сем и немедленно написали послания царю Аркадию. Папа от себя написал:

- Кровь брата моего Иоанна вопиет к Богу, против тебя царь, подобно тому, как древле вопияла кровь Авеля праведного против братоубийцы Каина; и эта кровь будет отмщена, так как ты в мирное время воздвиг гонение на Церковь Божию. Ибо ты прогнал истинного пастыря Христова, а с ним вместе ты изгнал и Христа Бога, а паству Его предал в руки наемников, а не истинных пастырей Христовых.

Сие и многое другое писал Иннокентий к Аркадию, отлучая его и Евдоксию от Божественных Таин, а вместе с ними и всех сообщников их, которые участвовали в низвержении святого Иоанна. Феофила же отлучал не только от сана, но и от Церкви и призывал его на соборный суд, чтобы получить заслуженное наказание.

Гонорий с своей стороны написал брату Аркадию:

- Я не знаю каким искуплением ты прельстился, брат, доверившись жене своей и, по ее настояниям, устроив то, чего не сделал бы ни один благочестивый царь христианский.