Как попечительный начальник, преподобный Никон не оставлял своих забот и о благоукрашении обители. Заключительным подвигом его в этом отношении было построение каменного храма над гробом своего учителя Сергия во имя Живоначальные Троицы.

При самом начале работ, при копании рвов для каменного храма, совершилось обретение и прославление нетленных мощей преподобного Сергия ¹¹ . Сие открытие мощей великого учителя Никон принял, как радостный венец и сладостную награду за свои труды и терпение. При общем ликовании святые мощи преподобного были положены в новую раку и на время были поставлены в деревянном храме ¹² , пока не было приготовлено им место в каменном храме ¹³ . Как место покоя для мощей великого Сергия, новый храм устроялся и украшался с благоговейною любовью и с усердными молитвами. Для созидания сего храма Никон собрал мудрых зодчих и искусных каменотесов, которые с Божиею помощью быстро окончили его построение. Новый храм был освящен и при его освящении были перенесены и помещены в нем святые мощи преподобного Сергия. Как дело святых и покоище Сергия, не потрясаемый веками, сей прекрасный храм освящает и ныне молящихся в нем, и руки нечестивых врагов не прикасались к нему ¹⁴ .

Никон заботился и о внутреннею, украшении храма и расписании стен его живописью. Для сего труда им были приглашены два инока-постника, славившиеся добродетельною жизнью: Даниил и Андрей, искусные в иконописании ¹⁵ . Их тщанием и под их руководством храм был благолепно украшен иконописью. Когда Никон увидел, что украшение храма расписанием окончено, то с великою радостью возблагодарил Бога:

- Благодарю Тебя Господи, - говорил он, - и славлю пресвятое имя Твое за то, что не презрел мое прошение, но даровал мне недостойному видеть всё сие моими очами.

В сие время Никон уже достиг глубокой старости, но ревность и бодрость духа не оставляли его, и немощь телесная не ослабляла строгости его подвигов. Достигнув совершенства в подвигах, он обладал всеми видами того богатства, которым человек богатеет в Бога. Он как бы горел удивительным стремлением к жизни по Боге: пищею для него было воздержание, богатством - нестяжательность; его старческое тело было прикрыто одним только власяным рубищем.

Наконец, преподобный Никон уже приблизился и ко своей кончине. Отчасти старость, а также великие постнические подвиги и продолжительные многие болезни изнурили его тело и оно изнемогло в своих силах.

Предузнав близость своего отшествия ко Господу, Никон велел призвать к себе братию. В то время, как она окружала его одр, стоя со слезами, преподобный, приподнявшись немного, обратился к ним с последним словом назидания.

Он завещал соблюдать установленный в обители чин молитвы дневной и ночной, не часто выходить из обители, хранить терпение в искушениях, соблюдать повиновение начальствующим в обители, ненавидеть праздность - гнездо пороков, любить трудолюбие, соединяя его с пением священных псалмов, с радостью хранить безмолвие, как матерь добродетелей, ведущую к совершенству. Присоединив к сему наставление о человеколюбии, он завещал братии:

"Если возможно, не отпускайте никого от себя с пустыми руками, дабы незаметно не оказать презрения Самому Христу, явившемуся вам под образом просящего. Бодрствуйте и непрестанно молитесь, дабы Господь и вас сохранил невредимыми от врага, и вы соблюли бы обет целомудрия и послушания, согласно с моими увещаниями.