Афанасий наставлял юного инока добродетелям и поучал его переносить все страдания, ведущие к Богу, стараясь исполнить душу его мужеством и крепостью и являясь ему во всем примером. Никон же, упражняясь под руководством его в молитвах, преуспевал в добродетелях, в подвигах поста, в неусыпном бдении над собою; он хранил чистоту, смирение, кротость и поучался усердно в Божественном Писании. Видя такое прилежание отрока, Афанасий возымел о нем отеческое попечение и, побуждая его к дальнейшим подвигам, содействовал его постепенному иноческому совершенствованию.
Когда Никон достиг совершенного возраста, то, по желанию Афанасия и всей братии, почтен был саном священства, как достойный быть предстоятелем пред Богом. Доблестный же Никон, по принятии священства, сподобившись сугубой благодати, стал проявлять еще большее усердие к подвигам благочестия.
Пробыв несколько времени в обители, Никон снова возгорелся неудержимым желанием видеть великого старца и подвижника преподобного Сергия, дабы получить от него благословение и слышать от него богомудрое наставление. С горячей мольбой обратился Никон к Афанасию, дабы он, помолившись о нем, отпустил его с миром из обители. Афанасий не удерживал Никона и, молитвенно напутствовав его, отпустил от себя.
Придя в лавру преподобного Сергия и увидев богоносного отца, Никон с горячими слезами припал к стопам его и просил у него благословения. Преподобный не только с радостью принял его как посетителя, но и оставил в своей обители.
После сего преподобный Сергий повелел Никону со всяким прилежанием служить братии в обители и Никон со всем усердием выполнял возложенное на него послушание, неустанно упражняясь в молитве и бдении. За такие подвиги и благочестивое житие преподобный Сергий оказал Никону особенную любовь и доверие, и повелел ему пребывать в одной келлии с собою. Здесь в беседе с богомудрым наставником, преподобный Никон нашел для себя высшее училище духовного любомудрия и в близком примере святого - новое поощрение к подвигам добродетели; в его же прозорливом руководстве и сильной молитве Никон обретал силу к ограждению от искушений, укрепление против немощей и райское утешение в общении сей молитвы. Любвеобильное сердце Сергия было для Никона отверстою дверью, откуда исходил на него благодатный свет и мир. И верное сердце Никона к Сергию было также отверстою дверью для открытия своему отцу всех помыслов и намерений, дабы никакая мгла сомнения или смущения не омрачала чистоты его совести. И вот, подобно дереву, насажденному при источнике водном, Никон, с верою воспринимая все наставления и поучения учителя, в делах своих показал обильные плоды добродетелей.
Мудрый наставник, преподобный Сергий, внутренними очами прозревая имеющую воссиять в Никоне пресветлую благодать, пожелал поставить его настоятелем обители вместо себя. Первоначально Сергий возложил на Никона часть своих попечений о братии, поставив его как бы вторым после настоятеля. Это новое служение Никон проходил со всем вниманием и бдительностью, постоянно храня неусыпное попечение о вверенной ему братии, относясь к каждому с любовью и отеческою заботливостью. Найдя в Никоне столь искусного руководителя братиею, Сергий радовался духом и, наконец, за шесть месяцев до своего преставления призвал Никона и перед всеми вручил ему, как искусному вождю, попечение о монастыре и о братии. Никон, хотя и не желал принимать на себя трудных обязанностей руководительства всею лаврою, но не осмелился ослушаться своего наставника и со смирением, как послушный сын, повиновался повелению его.