Ее супруг, король Джакоб, правил железной рукой, используя сделанные им огромные займы на закупку зерна для голодающего населения, медицинскую помощь во время эпидемии чумы, постройку кораблей и крепостей для защиты Королевства, и постепенно превращал Кипр в благополучную державу эпохи Ренессанса. Он успешно ввел передовую по тем временам систему судопроизводства, основал училища, позволившие многим киприотам получать образование, соответствующее стандартам того времени, а также изучать французский, итальянский, латинский и арабский языки. Высший смысл деяний короля был связан с его королевой – она ожидала в скором времени появления на свет наследника престола.
В глазах современников королева Екатерина прежде всего воплощала собой апофеоз влияния венецианской семьи Корнаро на королевский дом Кипра. Однако, если попытки такого влияния и предполагались, то возможности их осуществить не предоставилось...
Через год после свадьбы, в начале июля 1473 года, молодой король в сопровождении придворных отправился на охоту в окрестности Фамагусты. После охоты, во время королевского ужина, Джакоб II был внезапно сражен приступом желудочной колики. Дядя Екатерины - Эндрю Корнаро и ее кузен Марк Бембо повели себя при этом очень странно: они изолировали умирающего короля и не подпускали к нему никого до прибытия в Фамагусту Гранд адмирала Венеции Пьетро Мосиниго, который, по странному стечению обстоятельств, в это время находился в прибрежных водах Кипра, во главе венецианского флота. Умирающий король успел изъявить свою последнюю волю, оставив королевство в руках Екатерины, и объявив законным наследником своего будущего ребенка. В случае смерти ребенка права престолонаследования переходили, после Екатерины, к ближайшим родственникам по линии Лузиньянов. В ночь с 6 на 7 июля 1473 года Джакоб II де Лузиньян, король Кипра, испустил свой последний вздох. Причиной смерти официально была объявлена дизентерия. На следующий день вся аристократия Кипра, независимо от национальных и политических предпочтений, единодушно преподнесла свой омаж Екатерине Венете королеве Кипра.
Спустя почти два месяца после смерти супруга, 28 августа 1473 года, Екатерина родила сына - Джакоба III, наследника короны Кипра. Радостное событие праздновалось в течение трех дней. Для королевы это были, пожалуй, самые счастливые дни жизни. Ее маленький сын был коронован в возрасте нескольких месяцев и все единодушно благодарили Бога за то, что тот даровал Кипру нового короля.
А через несколько месяцев, 10 ноября, архиепископ Никосии Луис Перес Фабрегус, на ступенях кафедрального собора св.Софии, зачитал собравшейся толпе письмо Папы Римского, в котором Эндрю Корнаро и Марк Бембо открыто обвинялись в отравлении короля Кипра Джакоба II. Затем архиепископ, произнес горячую речь, обвиняя венецианцев в подготовке репрессий против испанской колонии на Кипре. Толпа, состоявшая в основном из каталонцев, пришла в неистовство, и началась смута, в ходе которой Эндрю Корнаро и Марк Бембо были зверски убиты, немногочисленные части венецианцев разоружены, а королева и ее маленький сын оказались, по сути, заложниками в руках повстанцев.
Движение «народного» возмущения направлялось и руководилось группой высших сановников государства, бывших приближенных короля Джакоба, в число которых входил и архиепископ Кипра. Эта группа затеяла сложную и опасную интригу, целью которой было предотвращение грозящей узурпации Кипрского королевства Венецией. Беззащитная и подавленная скорбями девятнадцатилетняя королева терпеливо ожидала, когда Венеция спасет ее от рук взбунтовавшихся заговорщиков. Но для нее было очевидным и то, что после гибели мужа следующим препятствием на пути Венеции к полному обладанию Кипром был ее маленький сын – король Джакоб III. И в этой связи попытки ближайших соратников почившего короля обезопасить себя от неумолимого натиска Венеции, были для Екатерины, пожалуй, единственной возможностью сохранить и королевство и сына. Усилия повстанцев, однако, не увенчались успехом, и 31 декабря 1473 года, узнав о приближении всего Средиземноморского флота Венеции под предводительством адмирала Мосиниго, они спешно покинули остров, найдя убежище в крепости Ордена Госпитальеров на острове Родос. Венеция, благодаря этому восстанию, получила идеальный повод для захвата острова во имя «безопасности и свободы». В честь успехов своей освободительной миссии адмирал Пьетро Мосиниго устроил в Фамагусте военный парад, на котором королева Екатерина пожаловала его золотым щитом, украшенным гербом рода Лузиньянов.
С прибытием адмирала Кипр был фактически захвачен венецианским правительством, разместившим на острове военный гарнизон и поставившим на все административные посты своих людей. «В помощь» королеве Сенат Венеции назначил двух консулов и проведитора, полномочия которых включали в себя командование войсками, контроль всех административных учреждений, а также управление финансами и недвижимостью Королевства в смысле максимального извлечения дохода и отправки его в Венецию. De-facto вся исполнительная власть перешла в руки консулов и проведитора, однако формально все распоряжения исходили от имени королевы. Существовало секретное распоряжение Сената Венеции, согласно которому консулы и проведитор обязаны были создать впечатление, что все распоряжения издаются королевой, дабы население Кипра не сомневалось в том, что «все, что происходит в Королевстве, исходит от королевы». Что касается возможных распоряжений самой королевы, то они приобретали силу лишь после контрассигнования их обоими консулами.
Маленький сын Екатерины король Джакоб III умер накануне своего первого дня рождения, 26 августа 1474 года от приступа малярии. Последнего Лузиньяна похоронили в Фамагусте, в могиле его отца короля Джакоба II. Екатерина была вне себя от горя. В секретном послании дожу Венеции она объявляла причиной смерти своего сына действия двух консулов и проведитора, не позволивших увезти больного ребенка из Фамагусты в Никосию, для оказания необходимой помощи. Неизвестно, как Сенат собирался отреагировать на эти обвинения, но это уже не имело значения... Через день после смерти маленького Джакоба внезапно скончался консул Луис Габриэль, а вскоре за ним на тот свет последовал второй консул - Франсис Миньо. И, наконец, 6 января 1475 года скоропостижно скончался проведитор Джон Соранзо. Впрочем, все эти смерти ничего не изменили, и общий ход развития событий остался прежним. На смену покойныхм консулам и проведитору Сенат назначил новых, с еще большими полномочиями, и Екатерине ничего не оставалось, как принять навязанный ей порядок, коль скоро она хотела оставаться королевой.